ولد في مخيم جنين للاجئين في محافظة جنين، وهو لاجئ لعائلة فلسطينية مهجرة من قيسارية، والده الأسير والجريج والمطارد واحد ابطال نفق الحرية، زكريا زبيدي قائد كتائب شهداء الأقصى في جنين إبان الانتفاضة الفلسطينية الثانية. 

بتاريخ 16 أيلول/ سبتمبر 2024، وفي طوباس شمال الضفة الغربية، اغتالت طائرة إسرائيلية مسيرة بثلاثة صواريخ خمسة شبان من بينهم محمد نجل الأسير زكريا الزبيدي. وقد قدمت عائلة الزبيدي عدد من الشهداء خلال الانتفاضة الثانية وبعدها، وتعتبر عائلة مناضلة منها الشهداء والأسرى.